《1999～2000中国海洋年鉴》设10个篇目，即：(1)综合篇；(2)产业篇；(3)地方篇；(4)海洋管理篇；(5)海洋公益事业篇；(6)海洋科技与教育篇；(7)极地篇；(8)国际海底篇；(9)国际合作篇；(10)附录．1999～2000卷《中国海洋年鉴》为了进一步扩大信息量，加大覆盖面，作了如下调整和充实：1.从内容上，一是管理篇增加了执法监察部分，海域管理、海洋环境保护部分扩充了新内容；二是公益事业篇增加了海洋灾害部分，全面介绍了1998～1999年我国发生的重大海洋灾害事件；三是在海洋信息管理与服务部分增加了信息网络建设与服务的内容：四是海洋科技篇突出了国家重大海洋项目的介绍，全面反映了我国几乎所有海洋科研单位的重大科研项目及其进展．
