《中国高技术产业统计年鉴》共分六部分。第一部分，主要反映高技术产业企业的生产经营情况，1995年的数据口径为全部独立核算工业企业，2000—2006年的数据口径为全部国有及年销售收入在500万元以上的非国有工业企业，其中按经济类型分组的数据中1995年国有及国有控股企业的数据口径为国有企业。第二部分，主要反映高技术产业企业的科技活动情况，数据口径为大中型工业企业。第三部分，主要反映高技术产业企业的从业人员及专业技术人员情况。从业人员指标的数据口径同第一部分，专业技术人员指标的数据口径为大中型工业企业。第四部分，为高技术产业企业的固定资产投资情况，1996年、2000—2002年数据口径为投资额在50万元以上的基本建设项目和更新改造项目的基本情况合计，2003—2006年数据口径为投资额在50万元以上的全部项目的基本情况。第五部分，反映高技术产业企业的产品出口情况。出口交货值数据口径同第一部分，新产品出口销售收入数据口径同第二部分。第六部分，反映国际比较资料，根据经济合作与发展组织(OECD)公布的高技术产业统计资料整理。
