《云南经济年鉴》(2006)设特载、经济大事记、云南省简况、国民经济、主要行业与部门、支柱产业、城市经济、民族自治州经济、区(市、县)经济、开发区建设、区域经济合作、非公有制经济、大中型企业、经济研究、年度专题报告、国民经济统计资料、重要经济法规、人物、附录共19个部类。《云南经济年鉴》(2006)增加了“云南省简况”、“民用航空”、“海关”、“出入境检验检疫”、“钢铁工业”、“有色金属工业”等类目。《云南经济年鉴》(2006)在编纂体例上除“特载”、“年度专题报告”等类目外，全都采用条目体的方式编纂，一般分为三个层次，如“国民经济发展”为第一层次(一级目)，下设“民族自治地方经济”为第二层次(二级目)，其下设“人民生活”为第三层次(三级目)；另有少量类目只分两个层次，如“云南省简况”为第一层次，下设“位置面积”为第二层次，余类推。
