《南京卫生年鉴》是综合反映南京医药卫生、计划生育、爱国卫生各方面工作基本情况、进展和成就的地方专业性年鉴。自1987年起，每年出版一卷。2009年卷年鉴主要反映截2008年底的资料。全书设特载、总述、南京卫生事业60年、疾病预防与控制、卫生应急、爱国卫生运动、基层卫生工作与妇幼保健、中医中药、医政管理、医疗技术、医药教育、医药科学研究、药品器械、规划财务管理与卫生审计、卫生法制建设、卫生宣传与出版工作、国际合作与交流、学术团体活动、编写单位概况、区县卫生工作概况、文件与法规、重要会议报告、卫生论坛、卫生工作纪事、卫生界人物、卫生统计、索引等二十七个类目。全书卷首、卷末附有彩色照片。2009年卷年鉴按类目、分目、条目三个层次编纂，部分条目内还设有子目。2009年卷年鉴卫生统计数字均以南京市卫生局统计室资料为准。为便利读者检索，除卷首的目录外，对各栏的内容编制了主题词或关键词索引附于书末，以汉语拼音字母依次排列。各编写单位排列次序按医院和非医院单位及其等级、性质两个层次排列；各区、县排列次序系参照《南京简志》排列。
